O Plano de Desenvolvimento Institucional-PDI é o documento que orienta a universidade em suas ações e desenvolvimento durante o período de cinco anos. Apresenta as estratégias a serem adotadas, estabelece objetivos e metas, busca consolidar diretrizes, identidade e princípios comuns a todos. Articula-se, de forma direta, com o Projeto Pedagógico Institucional-PPI, estruturando condições para sua adoção e desenvolvimento ao longo do tempo. Ambos são documentos estruturantes da Universidade.

O PDI de cada Instituição Federal de Ensino Superior-IFES também deve estar alinhado com Metas e Estratégias do Plano Nacional de Educação (Lei 13.0 05/2014) – documento norteador das políticas de educação nacionais no decênio 2014-2024. Do ponto de vista global, o PDI da Unifesp também busca alinhamento com a Agenda 2030 para o Desenvolvimento Sustentável da Organização Nações Unidas, através dos 17 ODS – Objetivos para o Desenvolvimento Sustentável . A Unifesp já alcançou posição de destaque no primeiro ranking internacional de universidades na implementação do ODS (Times Higher Education), com três posições em primeiro lugar no Brasil e entre as cem melhores do mundo (Saúde e Bem-estar; Redução das Desigualdades; e Igualdade de Gênero).

A adoção do PDI como documento base das ações implica em ser reconhecido pela comunidade acadêmica enquanto tal. Por isso, ele está sendo construído, novamente, por meio de um processo participativo, para que a comunidade seja coautora e validadora do documento, reconhecendo sua natureza, alcance e relevância para a universidade. O seu ciclo de vida quinquenal deve contemplar tanto a execução de objetivos, metas e ações institucionais como o monitoramento, por meio de painel de monitoramento e de indicadores, do avanço e cumprimento do ativo proposto no documento.

O PDI também integra o processo avaliativo da universidade, identifica as ações e metas da instituição junto ao MEC, a outros órgãos fiscalizadores e controladores e ao controle social. O PDI fornece a base para os Relatórios de Gestão anuais, em que são apresentados os nossos resultados e avaliado o cumprimento progressivo das metas. Também é o documento mais importante para informar a sociedade sobre o que fazemos e o que pretendemos alcançar. O PDI também atende às recomendações e dimensões pré-estabelecidas pelo Decreto nº 9.235, de 15 de dezembro de 2017 especialmente em seu artigo 21.